Botanique et bio-informatique de l'architecture des plantes

Fiche

AMAP

Organisme de rattachement de l’Unité : CIRAD, UMR AMAP, TA 40/PS2 Boulevard de la Lironde 34398 MONTPELLIER CEDEXUnité mixte : université de Montpellier 2 – Inra – Cirad – CNRS – IRD.

Directeur : Daniel Barthélémy. Centre IRD-GUYANE - Route de Montabo - BP 165 - 97323 CAYENNE Cedex

Tel : 05 94 29 92 92

Fax : 05 94 31 98 55

Statut : UMR

Ministère de Tutelle : Ministère de l’Education Nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche

Date de création du groupement : 2002

Site web : IRD et AMAP

Responsable : SABATIER Daniel - D .SABATIER

Sur la base du constat de la convergence de différentes disciplines (en biologie/écologie évolutive et fonctionnelle, en mathématiques et informatique appliquées) et de recherches finalisées (en agronomie, foresterie, environnement) autour de l’analyse et de la modélisation de la morphologie, de l’architecture et de la croissance des plantes, cette UMR a pour but : d’acquérir et organiser des connaissances botaniques, de concevoir des méthodes génériques de mesure, modélisation et simulation des plantes, de développer des outils logiciels finalisés (identification, diagnostic, simulation des peuplements et des paysages), de transférer ces connaissances, méthodes et outils dans l’enseignement supérieur ainsi que par des écoles-chercheurs et en utilisant les nouvelles technologies informatiques. Cette UMR recrée un pôle fort, moderne et original d’enseignement et de recherche en botanique et bio-informatique (au sens large). Les plantes étudiées (objets et modèles d’étude) seront : tempérées, méditerranéennes et tropicales; annuelles et pérennes; cultivées et naturelles; actuelles et fossiles. Les niveaux d’organisation privilégiés seront l’organe, la plante, le peuplement et le paysage, avec un accent particulier sur la plante.

Recherches / Activités en cours

Trois axes disciplinaires :

• Systématique, phylogénie des végétaux et floristique avec deux thèmes : systématique et phylogénie de groupes actuels fossiles ; identification des végétaux assistée par ordinateur et floristique ;
  • Architecture et développement des plantes avec trois thèmes : diversité, plasticité et variabilité de l’architecture et du développement des végétaux; mesure, analyse et modélisation de l’architecture des plantes ; imagerie volumique et anatomie ;
  • Structure et dynamique des peuplements et des paysages avec deux thèmes: analyse et simulation de la dynamique des peuplements et des paysages ; approche multi-échelles de l’organisation des couverts forestiers tropicaux ;

Trois thèmes méthodologiques transversaux, essentiels pour assurer la généricité des approches :

• métrologie et bases de données ; modélisation de la structure et du fonctionnement des plantes et des peuplements : spécification d’hypothèses
  • interférence, simulation, validation;
  • ingénierie du logiciel.